tambien puedes usar el ntfsdos (creo que se llama así) que hace compatible la ntfs con msdos.. o también puedes usar la knopixx que en su última versión es compatible con ntfs (y así rescatar tus cosas).. para formatear desde 0 siendo ntfs y sin disco de dos compatible con ntfs.. emplea un disco normal de msdos y cárgate la partición con el fdisk (eso sí.. lo pierdes absolutamente todo)