da igual que tengas dos o un solo disco duro, lo importante es que la unidad donde este la carpeta de windows, esa sera la que se borre del todo, si los programas los tienes en otra particion o en otro disco duro nunca se verán afectados, por lo del recovery, existen programas primero para saber que version de windows tienes: generalmente suele ser la home, sino tienes una pegatina pegada a la carcasa que dice la version de windows y su numero de serie, tan simple de hacerte con una copia igual y usar esa clave, asi te ahorras de hacer el recovery.