Una opción es volver a instalar el programa. Quizás el programa de instalación permite desinstalarlo directamente. Si no es así, volverlo a instalar quizás restaura el sistema de desinstalación que se puede haber "perdido" por alguna razón. Finalmente, si no aparece, siempre puedes borrar la carpeta directamente, a mano, y limpiar posteriormente el registro con algun programa como RegClean. Quizás quedará algún .DLL perdido en alguna parte, pero en principio no hay otra opción, a no ser que utilices una herramienta como Norton Cleansweep, que permite desinstalar programas prescindiendo del desinstalador.
