No debes preocuparte, de hecho la gran mayoría de las placas vienen con la opción de la bios directamente puesta con el slot gráfico (bien sea AGP o PCIe) en vez de con el incorporado en placa como opción por defecto. Esto significa simplemente la prioridad en el arranque. Aunque esa opción esté puesta de fábrica, si no encuentra una tarjeta en el hueco de PCIe, arrancará de la interna, asimismo, si le pinchas la tarjeta, pues directamente arrancará con ella, deshabilitando la interna automáticamente. Los demás parámetros no debes tocarlos.
Insisto, no te preocupes por nada, tu pincha la tarjeta y disfruta, que no hay que hacer nada más para que funcione correctamente.
salu2.