Creo que algo tiene Acer a parte de la configuración de Windows, porque yo tengo un HP, tengo esas opciones de energía como tú y no se me apaga ni hiberna.
Lo de los captchas... a ver, depende del servidor y tal, pero básicamente no necesitas nada (especialmente si se trata de enlaces de Megaupload y dos o tres más que ahora no recuerdo, esto mejor lo preguntas en el hilo oficial del JDownloader).
Sobre que descargue un archivo y no más, sólo se me ocurre que por algún motivo pongas a ese archivo (sin tu darte cuenta) la opción de parar cuando termine ese archivo. Ahora no lo puedo mirar, pero sé que sale un punto rojo junto al archivo y la opción es algo así como "marca de alto", aparece al hacer click con el botón derecho del ratón sobre el nombre del archivo en descarga.
Creo que me he explicado bien, pero es bastante tarde y no las tengo todas conmigo, jeje. De todos modos, espero haberte ayudado un poco.
