Mmmm, antes de hacer algo tan drastico, no vale con desinstalarlo!? Es decir, en agregar o quitar programas, ver los componentes de windows, y ahi se quita la marca en Windows Messenger y listo.
Ahora, tambien puede prohibirse su ejecucion en las politicas de grupo asi como tambien deshabilitar el complemento en IE, si tienes SP2.
saludos