como configura discos duros?

Hola como vereis por mi pregunta no me gano la vida con la informatica, pero tengo cierta aficion, normalmente seria un poco mas autodidacta pero ultimamente he metido mucho la pata.
La cuestion es que tengo dos hdd y mi pregunta es si ganaria algo teniendo el s.o. en uno y utilizar el otro para lo demas los discos son de 60 y 250 aunque no creo que se diferencien mucho en velocidad porque los dos son ata100 aunque el grande sea mas moderno y ya de paso cmo los configuro, tengo ademas un cd y un dvd el so. master del primario, y lo demas?
Ahora lo tengo todo en el grande y el pequeño lo utilizo para experimentar (linux o hacerle perrerias al un 2ª xp).
La idea es que si ganaria teniendo el so. en el pequeño y el grande usarlo de cuadra para el burro.
Salu2