exacto, el ejecutable es el que se encarga de reprogramar el nuevo firmware -que generalmente es un archivo *.bin-
pero ¿que error tienes? quiza debas bajar de nuevo el programa o el firmware, el programa revisa primero que el firmware nuevo este completo y sin errores y despues que sea el adecuado para el hardware. generalmente ya viene el programa de 16bits -DOS- y el de 32bits -Windows- del programador. si no lo hay, cosa que dudo, debes de iniciar la pc en modo DOS -se le llama modo real- usando un disco de 3.5" con el sistema operativo ms-dos o pc-dos o el que tengas.
