Tiene pinta de ser un problema de compatibilidad. Nintendo aún no garantiza que todos los juegos viejos vayan a funcionar a la perfección, en especial los menos relevantes, hasta que no los vaya probando la gente y reporte los problemas a la propia Nintendo no me sorprende que pase algo así. Han tenido que probar 20000 juegos en muy poco tiempo.
Mientras no te pase nada con juegos nuevos o pesos pesados que consuman recurso, yo no me preocuparía por la salud del hardware de tu máquina.