creo que con tener ambos discos duros en el mismo ordenador y darle a copiar todo lo que pilles en C (archivos ocultos incluidos) deberías poder
otra cosa es que windows (si es lo que tienes) te deje o no hacerlo, eso ya no lo sé
de todos modos para la "salud" del so es mejor que lo instales todo y muevas luego documentos, partidas guardadas y cosas así