"Carpetas con extensión"
Bueno, eso no existe, le puedes poner un punto al nombre de la carpeta pero solo es eso, no es que tengan extensión.
CDGENPS2 no admite nombres de más de 8 carácteres (sin extensión) y las carpetas no pueden ser mayores de 8 carácteres.
Los nombres han de ser compuestos de carácteres comprendidos entre " A - Z " (en mayúsculas y sin Ñ) y " _ ", por lo tanto carpetas con puntos No las admite.
Para lo que quieres haces deberías usar Nero, activando la compatibilidad de nombres Juliet.
Pero la desventaja de Nero es que NO puedes modificar los LBA.
CDVDGEN de Sony también este restringido a las mismas reglas que CDGENPS2.
De todas formas hay una versión de CDGENPS2v2 que puede meter archivos de hasta 31 carácteres (con sus limitaciones)
Un Saludo.