mmm no se si te he entendido bien xq a estas horas no me da pa pensar...
pero vamos, kreo ke lo ke tienes es una de las fajas medio rota... comprate los cables nuevos (valen 1€ cada uno) y prueba....
x cierto, la configuracion correctam sería:
IDE0 - Master: S.O. (el disco maestro siempre va al ultimo enganche del cable, osea al extremo, aunke tambien funcione en los otros)
IDE0 - Slave: El otro disco duro
IDE1 - Master: DVD (repito: la unidad maestra siempre va al ultimo enganche del cable, osea al extremo, aunke tambien funcione en los otros)
IDE1 - Slave: CD
Despues de esto, ve al administrador de dispositivos (en el panel de control) y compruba en tu controladora IDE que los discos duros funcionan en "DMA Ultra modo 5" (mas conocido como UDMA100) y que los lectores CD/DVD funcionan a "DMA Ultra modo 2" (mas conocido como UDMA33).
Despues de esto, tendras tu controladora IDE rindiendo al 100%
Un saludo