Yo estuve en una situación parecida el año pasado. Los créditos que exigían eran más de los que me quedaban, pero en mi caso me mandaron una carta diciendo que al año siguiente no me renovarían la beca si no hacía una ampliación (es decir, que ese año sí me la daban). Llamé porque no me pareció nada lógico: esa situación se dio porque fui aprobando todas las asignaturas de cada curso sin dejar atrás ninguna y si eso fuera así premiaba a quienes arrastraran asignaturas pasadas y castigaban a quienes lo fueran aprobando todo. Me dijeron que no hiciera mucho caso, porque esa era la regla general pero a la hora de mandar cartas no se habían tenido en cuenta excepciones. De hecho, otra excepción que no se tuvo en cuenta fue el caso de los alumnos de primer curso (estos no pueden matricularse de nada que no sea de primero) a los que no les llegaban los créditos.
Mi beca era la general del Gobierno Vasco, pero imagino que en tu caso habrá pasado algo parecido. Habla con ellos y a ver qué te cuentan.