Yo no se mucho de esto tampoco, pero en mi consola y en la de mi hijo alguna vez al encenderla tampoco reconoce todo lo que esta instalado, la reiniciamos y a funcionar, pero lo hace muy pocas veces, igual pasa un mes o mas.
Lo que te pasa a ti parece que es la microSD de 64 gb, igual esta fallando. Si tienes otra microSD deberias hacerle todo el proceso de cero o primero puedes probar a copiar todo el contenido de esa microSD a otra distinta para descartar, que tengas instalado en el PC el programa para que te salgan todas las carpetas que hay en la microSD de la PSVita para ver las carpetas ocultas y copias todo a otra microSD, si te va bien ya sabes lo que era.
