Has pensado que no sea un problema del SO si no del ratón o teclado?
Mas que nada por que el sonido de notificación suele ir asociado a cuando instalas algún periférico al enchufar el USB al PC.
Comprueba que no se te desconecta el teclado o el ratón, si es inalambico que no se quede sin pilas o se apague, etc...tiene mas pinta de ser eso que el SO en sí.