[Ayuda urgente por favor] S.O. en SSD Samsung Evo

Hola, antiguamente tenía dos discos mecánicos en los cuales tenía en uno el S.O. y en otro los datos.
Una vez configurado el S.O. realizaba un Ghost (copia fantasma) para cuando tuviera algún problema poner la copia con todo perfectamente configurado.

Acabo de adquirir una torre en la cual he usado la misma técnica, pero el S.O. lo tengo en un SSD Samsung 840 Evo 250GB y para los datos un mecánico.
Una vez configurado el S.O. en el SSD realicé un Ghost.
Ahora tengo problemas graves y errores críticos en el ordenador por una mala instalación, y al poner la copia no se arregla.

A partir de aquí sólo especulo porque soy novato con un SSD:
Parece ser que el 10% que guarda al final del disco va realizando copias, por lo que cuando pongo el Ghost sigo teniendo el mismo problema.
Por tanto, merece la pena hacer un Ghost a un SSD? Cómo se realizaría para luego porder restablecerlo de manera íntegra sin ese 10%?

Como todo me iba mal y me urge tenerlo a punto, decidí instalar el Windows 7 Ultimate x64 de nuevo para empezar de 0, y para mi sorpresa, a mitad de la instalación me da fallo, lógicamente por el SSD.
Tengo que formatear el SSD para dejarlo de fábrica?
Se puede borrar ese 10%?
La única forma de formatear el SSD es con los tutoriales que he visto del GParted?

Siento que sean muchas preguntas, pero repito que soy novato y agradecería que me respondiérais a la mayoría para saberlo en un futuro (ténica no me des el pescado, dame la caña y enséñame a pescar).

Muchas gracias!!!