A ver, por lo que entiendo tu has instalado Windows en la segunda partición.
Pues la única solución que veo sería formatear la particion con el Windows "viejo" y dejar la otra, pero vas a tener un problema, ya que como C es la particion vieja, el sistema operativo lo vas a dejar en una letra distinta de C, y eso no es muy conveniente.
Mejor vuelve a iniciar con el disco de Windows, borra todas las particiones, crea las que necesites e instala el sistema operativo en C.
No vas a tardar tanto y te vas a asegurar de que quede todo bien hecho.
