Cuando haces un raid desaparece todo el contenido de los discos que están en el raid!! No podrás cargar un windows que estaba en un disco cuando lo metes en un RAID. Después de crear el RAID hay que instalar windows desde 0.
O sea: (como hago yo):
-Conecto los discos y pongo modo Raid en la BIOS.
-Creo el Array en la consola (Control+F en AMD, control+I en intel), yo hago siempre RAID 0, pues quiero máxima velocidad.. En intel le puedes dar nombre, en amd no me acuerdo pero creo que no.
-Arranco la instalación de windows, y en vez de aparecerme los 2 discos solo me aparece una unidad (del doble de capacidad en RAID 0).
-Si windows no reconoce esta unidad hay que cargar los drivers RAID que te proporciona el fabricante (normalmente hay que ponerlos en los AMD, los de intel vienen con el windows.
Saludos