Pues son mas o menos iguales ambos... de hecho me quedaria con el tuyo..., lo que has visto d como si trajera 2 CPUs, es el Hypertreading, que simula una CPU extra virtual, por supuesto, no se acerca al rendimiento de un DualCore de verdad...
Si quieres ver cual va mejor... solo tienes que pasar algunos test... bajate algun benchmark de algun juego, o el 3DMark 2006 por ejemplo...
Una cosa esta clara, lo que no puedas hacer con uno, no lo vas a poder hacer con el otro... lo que puedes hacer para quitarte de cambios si quieres, es quedarte con el tuyo, pinchandole cosas del suyo al tuyo, como la RAM y el Discoduro... mejorar en juegos no puedes mejorar sin mejor grafica y sin mejor CPU...
Asegurate con el programa GPU-Z, que ambas graficas son identicas, osea que no vaya a ser una el modelo 6600GT que es superior a las demas 6600, o que una no vaya a llevar peor memorias que otra.... si son identicas, pues quedate con la que tenga un ventilador mejor....
Y respecto a poner tu disco duro en su PC, seguramente si tengas que formatear si quieres usar tu windows, puedes ponerlo para acceder a tus datos, pero seguramente no podras iniciar tu windows.