Quitarle espacio a una particion de windows es peligroso, no por que se joda si no por que el put* cabr** del S.O cuando detecta que lñe has echo eso empieza a ir lento, a mi me paso con el XP, le quite un cacho al HDD para instalar ubuntu y empezo a arrancar m ucho mas lento, a petarse mas a menudo, y un largo etc hasta que acabe reinstalando.
Te aconsejo que antes de pàrticionar desfragmentes completamente el HDD.