Tu dejas el disco duro puesto tal como esta ahora, te coges el cd del xp y arrancas con el, te saldran unas pantallas y llegaras a un momento que te dira donde lo instala, si en c: (40) o D: (80), le dices que C: te dira si formatea en fat o ntfs o lo deja todo igual. Lo normal ntfs.
Por cierto ese disco duro que tenia antes? Xp?.
Para borrar la particion pues con el comando fdisk de msdos, la opcion 3 es la de eliminar partciones y dentro de ella hay otra qeu no pone NON-DOS ao algo asi, no me acuerdo muy bien, pero vamos si lo que quieres es instalar xp en el disco de 40 con arrancar el pc con el cd de windows xp no hay mayor problema.
Saludos.