ejem... no entiendo qué quieres decir con las conexiones IDE del HDD y los ópticos, puesto que el HDD es SATA y supongo que los ópticos (al menos el BR) tb son SATA...
voy a suponer que te refieres a la configuración SATA en la BIOS que suele salir como IDE...
lo primero lo que has desactivado es el canal IDE de la placa (correspondiente al conector físico en la placa), no has de tener problemas con eso siempre y cuando no conectes nada ahí (obvio)...
en cuanto a la configuración de los puertos SATA, puedes dejarla en IDE para que no de problemas... las opciones que hay normalmente son IDE, AHCI y RAID... la primera es la común que no da problemas, la segunda necesita un driver específico para que el SO llegue a reconocer el HDD (el famoso mensaje "Pulse F6 para..." que sale en la primera pantalla de la instalación del windows hasta XP, con vista al llevar ventanitas es diferente) y la tercera para cuando tengas montado un RAID...
