Hay que diferenciar, no todo valen para lo mismo:
Por un lado tienes HTML o XHTML para hacer "lo que ves" en el navegador. Preferiblemente XHTML por ser más moderno.
Por otro lado tienes CSS para añadir estilos a la web. Antiguamente se hacia todo en el HTML, ahora la idea es meter todo el tema del estilo en el CSS, o sea, poner otras fuentes, fondos, reestructurar la web, vamos, ponerla bonita para que me entiendas.
Con esto ya puedes hacer una web estática.
Luego tienes Javascript que es un lenguaje del lado del cliente, con dicho lenguaje de programación (HTML y CSS no son lenguajes, XHTML tampoco) puedes hacer cosas sin involucrar al servidor, o sea cosas locales en tu navegador (ahora pondré un ejemplo)
Por último están los lenguajes de lado del servidor, donde realmente está toda "la chicha" de la web, o sea, conexiones a bases de datos, operaciones con los datos, etc.
Aqui puedes elegir lo que más te guste:
PHP
Java
Python
ASP
ASP.NET
Ruby (Rails)
Grails (Groovy)
Y muchos más que me dejo de lado.
Por ejemplo, imagina una web que tenga un formulario y necesites validar sus datos (por ejemplo comprobar que has metido bien el mail). Si validas en PHP (lenguaje de lado del servidor) tienes que enviar todo el formulario al servidor, ahi comprobar los resultados, si hay algun problema tienes que mandar al cliente el error, volver a rellenarle el formulario e indicarle el error. Si por otro lado usas Javascript (lenguaje del lado del cliente) para validar el formualario, no hará falta enviarlo al servidor y de hecho puedes comprobar el mail justo al salir de la casilla del mail (o sea, pulsas TAB para pasar de caja y te dice directamente si el mail está bien o no). Así que como comprenderás, es mejor usar Javascript en este caso.
Y bueno, luego está AJAX, no es más que una tecnica de programación usando Javascript para poder recargar partes concretas de la web sin tener que recargarla entera.
Eso es todo.
