Con audacity, que no lo he usado mucho, la forma más sencilla que se me ocurre es:
- Abres el mp3
- Te pones en el segundo 0
- Generar -> Silenciar, pones el tiempo que quieres de silencio y aceptar
- Ahora, con los selectores de abajo, seleccionas desde el segundo 0 hasta lo que dure el silencio que has metido
- Control+X
- Vas al segundo 5 con las flechas del teclado
- Control+V
- Vas al segundo 11 con las flechas del teclado
- Control+V
- Etc
Puedes ver el tiempo en el que estas abajo. Si lo quieres más exacto, marca abajo "ajuste a" para que te marque siempre al comienzo de los segundos y no en mitad, y dale a la flecha del primer selector de tiempo de abajo y elige segundos.