Los discos duros no son secuenciales, cuando se llena uno no empieza a llenarse el otro automáticamente. Es como dice juanf; si tienes 2 cajas y una la tienes llena, tendras que empear a guardar cosas en la otra.
Así que vete pasando cosas al otro disco duro porque el disco donde tienes el Windows instalado no puede estar tan lleno, sino empezará a irte excesivamente lento el Windows.
