Hay algunos virus que se escriben en la superficie del disco, se borran de la tabla y se meten en el registro. Suelen ser muy cabrones y dificiles de eliminar, pero en el momento que borras la referencia del registro problema desaparecido. Una reinstalacion suele bastar porque el archivo de registro se sobreescribe no asi alguna configuraciones.
Los programas de limpieza de registro no se si analizan estas claves como invalidas.
Tb tienes herramientas de discos duros (yo usaba unas de ibm) para comprobar el estado del disco duro (cargan su SO aparte) siendo pruebas a nivel del hard del disco duro. Si encuentras sectores que no funcionan bien los "eliminan" del disco duro.
Posiblemente haya mas y mas faciles de usar pero me fio de ibm.