La verdad es que cualquiera que te permita editar pixeles.
Photoshop, Fireworks, Gimp, Paint, PSPro.... etc
Y las animaciones normalmente se hacen por codigo, tu al programador lo que le pasas es un gráfico con una tabla que contiene todos los frames de la animación, que has creado con uno de los programas antes mencionados (o otro que te venga bien) encajados como puedas para optimizar espacio y el programa los cambios de dibujo que dan la sensación de animacion, pero en realidad lo unico que tiene son los dibujos sueltos.
Para facilitarte las cosas puedes usar un progama que tenga frames (tipo gif animado) o layers, te facilitaría crear la animación.