A ver si me he aclarado. Usas wifi para pasar datos en una red local con otro equipo pero NO para acceder al router, al cual accedes por latiguillo RJ-45.
De modo que si ese es el "problema" la solución (para mi) óptima sería:
Click en el iconito del wifi. boton derecho en la red a la que no quieres que se conecte, y propiedades.
En la pestaña "Conexión" tienes un apartado que deberás desmarcar: "Conectar automáticamente cuando esta red esté dentro del alcance"
De modo que la ignorará pero seguirá ahi para cuando queiras usarla.
Acto seguido debes desconectarte de la red wifi y seguir a lo tuyo. Wifi activado, no conectado, y el diálogo con el router por RJ-45.
Espero haber resuelto el problema.