Lo de la pantallita si no voy mal encaminado, suele ser para cuando hay un error de hard, que depende el numero salga en la pantalla es un error o otro. Por el numero sabes si es culpa de grafica, memoria etc...
Sobre los puertos SATA, yo si tus discos son SATA3, pues ponlos en los SATA3, 2 son con controladora intel, y 2 marvell, no se cuales son mejores, yo supongo que mejor los discos o SSD meterlos en controladoras intel (corrijanme si me equivoco)
Y los SATA2 le meteria alli lectores-grabadoras o discos lentos, de 5400 rpm que no notaras nada si son sata2 o sata3.
Aunque segun veo, los discos mecanicos a 7200rpm apenas copan el ancho de banda del SATA2, asi que si te indica que lo pongas en el SATA2 ponlo, que funciona igual. Los puertos SATA3 reservalos para cuando te compres un disco SSD
Y sobre lo de meter el S.O, yo lo pondria en el Caviar Blue, es mas rapido que el 2'5 de 5400 rpm, sobre lo de hacer raid 0 con un disco de 5400 rpm y el caviar blue, creo que mejor no lo hagas, porque ambos discos funcionarian a 5400 rpm, y no se si vale la pena.