Posiblemente te han hecho una partición para sistema, y otra para datos, y la de sistema protegida y encriptada (supongo), lo cual es ridiculo en extremo, porque si se cuela un gusano a traves de un agujero del sistema, da lo mismo que este o no encriptado el disco, y lo peor es que cuando quieras meter aplicaciones nuevas... ¿donde las metes?... no en la partición de sistema, al menos no sin meter el pass para grabar en el mismo.
Lo mejor para no tener que usar un antivirus, es usar un abaco. Si usas un PC con windows, usa SIEMPRE un antivirus y actualizalo periodicamente, lo mismo con programas contra spyware y recomiendo que te bajes un archivo .HOSTS que te bloquee las IP´s mas conocidas de malware