Teniendo dos discos duros no necesitas particiones. Usa el más rápido para el SO y aplicaciones (programas, juegos, etc.) y el otro para "backups" y descargas.
Si tienes más de 2 Gb de RAM desactiva la memoria virtual. Si no puedes/quieres desactivarla, configúrala en un disco diferente al que tengas el SO y las aplicaciones, ganarás un poco de rendimiento (muy poco realmente).