Sobre todo varian en precio aumentandolo segun su capacidad de OC (overclock). A parte de eso tambien aumenta el precio cuantas mas ranuras pci-express tengan y ya tambien la marca influye aunque a misma gama las marcas tienen precios muy similares (por ejemplo asus y gigabyte tienen precios similares mientras que asrock es algo mas barata)
La mejor mother sera la que mas te deje configurar el equipo hasta aprovechar su maximo rendimiento (desbloqueo de nucleos, oc maximo tanto de micro como memorias, si acepta sli y crossfire siempre que tengas pensado hacerlo, numero de fases, cnsumo, estabilidad...)