bueno, con respecto al PC el mayor problema que vas a tener es la fuente, que pintando a genérica como parece es posible que no pueda decentemente con una HD4890 (unos 500W y 32A sería lo que viene pidiendo)... es probable que necesites tb cambiarla...
lo de los dos slots es relativo al espacio que ocupa la gráfica, 1 slot por el propio conector PCIe y el otro por el disipador, que se come el slot (sea PCIe x1, PCI o no tenga nada) pero no hay que conectar nada....
PD: no me jodáis con el cuello de botella en un Core2... un P4 le haría un cuello de botella brutal, pero un Core2 nada más a allá del rendimiento por frecuencia (es normal que un E8600 rinda más que un E6400 pero no esperes que la direncia porcentual llegue a dos dígitos)...