buenas! a ver... para configurar una cuenta premium tienes que hacer lo siguiente:
Configuration--> Hosts --> selecciona megaupload.com--> abajo del todo pulsa el boton que pone "Settings"--> selecciona la pestaña "Premium Settings"--> en Premium Options seleciona "Add new account"--> escribe tu nombre de usuario y contraseña--> en la barra de herramientas de la izquierda, dentro de "Configuration" pulsa en "Save Changes". Por ultimo asegurate de que el icono de la esquina inferior izquiera en el que pone "Eneable/disable premium usage globally" este activada (eneable).
espero que entiendas la explicacion y te sea de ayuda =) personalmente para descargar de megaupload con cuenta premium yo uso mega manager que me va mucho mejor que el jdownloader, pero claro si quieres descargar simultaneamente de servidores distintos ya es otro tema =)
un saludo!