Hola, al arrancar desde el disco de inicio de W98, no te reconoce la particion en NTFS, pero si lo que quieres es quedarte con WXP, solo tienes que arrancar desde el CD de WXP y escoger la opcion consola de recuperacion, entonces escribes FIXMBR y te crea un arranque nuevo, asi al arrancar ya no te preguntara con cual de los dos quieres arrancar, ademas podras formatear desde WXP la particion FAT32 que tenias en W98.
Un saludo.