MSATA es una ranura especifica para una clase de SSD especificos( sin carcasa, pequeñitos, con conector MSATA). Normalmente esa ranura está entre el socket y la primera ranura PCI Express( la de arriba, vamos).
El disco duro SSD "de toda la vida" se conecta por conector SATA( mejor SATA3 obviamente...en tu caso sata3 3gb/s), vamos, por el mismo conector que los demas discos duros e incluso que el grabador de DVD.
Yo no me calentaria el tarro e iria a por un SSD de toda la vida...no he probado todavía los MSATA, pero creo haber leído por ahí que puede haber problemas para configurar ese SSD como el primario y demás...aunque ya te digo, no he experimentado con ese puerto.