La primera colección que has puesto contiene todo lo que iba saliendo en EEUU. Es decir, Amazing, Spectacular, Web of y si salían más colecciones como Webspinners pues también las colaba. El de tomos lo que recopila es el tramo de Spider-man guionizado por Straczynski (conocido sobretodo por la serie Babylon 5). Por lo tanto, en la colección de cómics sueltos vienen los de los tomos y muchos más.
Si quieres empezar desde el principio principio, deberías pillar por ahí alguna cronología (siempre recomiendo los libros El diario de Peter Parker, pese a sus defectos son lo mejor que hay en este aspecto) e ir siguiendo las lecturas en el orden que te propone.