Hola, efectivamente al reparticionar pierdes todos los datos del HD, así que antes de hacerlo debes hacer un backup

Luego, una vez salvados los datos, reparticionarlo es muy simple, si tienes Windows (da igual la versión) pincha con el botón derecho en Mi PC y dale a donde pone Administrar, una vez ahí selecciona Almacenamiento, y te saldrán todas las unidades de HD y Lectores conectados al PC, entonces selecciona el externo (fíjate que sea ese, pues si no igual borras algo que no quieras) y con el botón derecho selecciona Eliminar Partición.
Una vez eliminada la partición (o todas si tenías mas de una) le das a crear nuevo volumen (también con el botón derecho) y ahí eliges el tamaño que le quieras asignar (luego como te seguirá saliendo parte "Sin Asignar", repites el proceso con ellas hasta hacer todas las particiones necesarias).
Al principio es mejor que las formatees todas en FAT32 y luego la de la Wii la formateas por encima con el WFBS Manager y listo

Salu2
PD. Si tienes Mac, con utilizar la Utilidad de Discos te vale.