Prueba a usar algún OCR sobre las tarjetas escaneadas ( programas tipo Text Bridge , Omnipage te lo hacen), si no tienen un tipo de letra chungo te pillarán bien el texto y luego ya lo puedes exportar tu al formato que quieras, aunque luego tengas que repasarlas y corregir alguna cosa, por lo menos no tienes que picarlas enteras.
Luego para almacenar los datos cualquier agenda, hay mogollón de ellas gratuitas, busca en softonic, lo veo mucho más cómodo que una hoja de cálculo.
Edito: Aunque igual tardas más en escanear y procesar las 600 tarjetas que en grabarlas de 0.