Para pasar el audio a mp3, el audio lo pones a full processing mode, le das a compression, y eliges MP3-Layer3 o LAME MP3 (depende de los codecs que tengas instalados). Eliges una de las opciones con la misma frec. de muestreo y con el bitrate que quieras, y ya esta. Si el Wav lo tienes aparte, en la pestaña audio (la misma donde esta lo de full processing mode), le das a "Wav audio..." en vez de "Source audio", te sale para que elijas el wav, y luego pones lo de la compresion y ya esta.
Lo del video entonces no se. Igual es por que lo tienes a mucha resolucion o alguna historia rara. A mi las veces que me pasaba era por los keyframes. A ver si alguien sabe algo.
Saludos.