siempre encontraras criticas de cualquier producto, por ejemplo, yo tengo gigabyte y lo que le critico es que en recientes actualizaciones del BIOS han quitado algunas funciones, pero enlo demas me agrada, en ASUS tienden a poner buenas herramientas para el mantenimiento o ajuste del sistema.
Lo importante es el chipset que eligas y a partir de el se busca la tarjeta madre, por ejemplo, ambas tarjetas permiten tener 2 tarjeta de video, solo que la de gigabyte a tener chipset AMD780G -con video integrado HD3200- solo sirve para usar CrossfireX -obviamente solo tarjetas radeon- mientras la de ASUS usa chipset nForce 570a SLI -con video integrado GeForce 8300- solo servira para usar SLI -obviamente solo tarjeta geforce-. Ambos chipsets son de gama media y dan buen rendimiento al procesador aunque me decanto mas por el AMD780G en rendimiento.
La eleccion es tuya porque ambas estan muy parejas y la unica diferencia notable es que la de ASUS incluye disipadores tanto para el chipset como para el MOSFET -reguladores de voltaje junto al procesador- lo que te permite usar procesadores de mayor potencia sin preocuparte a sobrecalentamientos.