Tu lo que quieres es meter knoppix en una particion ¿no? pero que luego al arrancar el pc no te la detecte la nueva particion (el SO)a menos que tu metas el diskete.
Creo que al instalar la MDK te daba a elegir donde instalar lilo, y entre las opciones aparecia la de meterle en un diskete..... Despues lo que hacias era meter el diskete al arrancar y te cargaria lilo
Otra opcion seria poner el lilo con carga automatica, aciendo que no aparezca la pantalla de lilo, pero si tu quieres elegir el SO solo tendrias que pulsar al arrancar el pc SHIFT
Espero que fuese esto lo que preguntabas
Saludos!