Muchos de los virus para pendrive utilizan el archivo autorun.inf para propagarse. Para evitar esto, debes crear tu un archivo autorun.inf en tu pendrive, para evitar que el virus lo cree y te infecte.
No es un antivirus en sí, pero es una solución "de baja tecnología" que funciona bastante bien. Para hacerlo, realiza los siguientes pasos.
Pulsa en Inicio, Ejecutar, y escribe CMD.
Una vez en la consola, ve a tu unidad de Pendrive, por ejemplo E:
E:
Crea la carpeta autorun.inf
mkdir autorun.inf
Y haz la carpeta invisible, de sistema, y protegida.
attrib +h +r +s autorun.inf
De esta forma, al convertir el archivo autorun.inf en una carpeta de sistema, ningún virus podrá escribir nada dentro, por lo que serás inmune a los ataques.