Yo, en principio, diría que no tendrías que tener ningún problema, porque imagino que la información que utiliza MS para saber si tienes la consola flasheada la recoge al ejecutar el juego con el que estés en ese momento. Por otra parte, el HD puedes intercambiarlo entre una consola flasheada y/o baneada, y otra que no lo esté sin problemas.
Peeeeero, como con el tema de los baneos lo único que hay son rumores y suposiciones, yo si fuera tú, no me arriesgaría, la verdad, y así evitar sorpresas desagradables.