En un sistema compuesto de varias tareas un cuello de botella (bottleneck) es un elemento que limita el rendimiento.
Por ejemplo, imagina el sistema "comer salchichas". Eres capaz de comprar muchas salchichas, de comer muchas salchichas pero eres muy lento cocinándolas. El rendimiento se ve limitado por la cocina, es el cuello de botella del sistema. Creo que es el ejemplo más estúpido que he puesto en mi vida, pero es muy tarde, sólo quería que vieras que no sólo se aplica a informática.
A ver, un ejemplo mejor. Tienes un archivo muy grande y se lo quieres pasar a un amigo por internet. Tu ordenador es capaz de leer archivos a gran velocidad, el ordenador de tu amigo es capaz de escribir en disco a gran velocidad, sin embargo tenéis una conexión a interne que da pena, por lo que, por muy rápidos que sean vuestros discos duros, vais a tardar una eternidad en enviarle el archivo. La red es el cuello de botella del sistema.
En fin, hay ejemplos infinitos y explicaciones mejores (sobretodo mejores), con caminos críticos y demás. Supongo que habrás oído hablar de cuello de botella con la tarjeta gráfica y por eso lo preguntas.
Saludos