Hola. Ahora mismo tengo delante el Galaxy S4 Mini de un cliente y sí, el botón home sobresale un poco, por lo que creo que será normal.
Algo que puedes probar en caso de que no te convenza tenerlo así, es a ponerle una pantalla de cristal templado: por el grosor te debería quedar a ras, y de paso le das una protección extra a esa pantalla.
