El problema lo tienes en el fichero que crea HDloader junto a las particiones del disco donde se encuentran los juegos -siento no poder indicarte ahora mismo como se llama, creo que es un fichero de configuración, o algo por el estilo-. Esto a mí me ha pasado muchas veces y la forma en que se corrige es borrando este fichero -yo lo hago con la utilidad DMS HDD Explorer-. Entonces la próxima vez que arrancas el HDloader, este ve que no existe el fichero indicado y lo regenera volviendo a mostrarte el directorio.
En mi caso tengo el DMS3 instalado y la utilidad indicada corre perfectamente -no sé si sin el chip funcionará-, pero me imagino que existirán más utilidades de este tipo que te permitan corregir el error indicado.
Suerte.