Buenas, ya que no estoy en el curro, ayudaré a otro que lo necesita xD
Te explico. Lo que pasa es normal. Cuando los unes al dominio, el usuario al que accede es al usuario del AD (Active Directory) y guarda un usuario local (es decir, el usuario del AD tiene un "huequito" en el equipo.
Los otros usuarios si eran de otro dominio o locales, tienen su configuracion propia y no tiene nada que ver con el otro usuario.
Prueba algo para migrar configuraciones y archivos de un usuario a otro.
Saludos!