Pues eso, me he pillado un pc nuevo y la BIOS si reconoce todos los discos duros, pero despues una vez en Windows, el administrador de discos solo reconoce el principal.
Buenas, ya lo he solucionado. Lo que hice fue desinstalar todos los drivers antiguos o de piezas que tuve (ya que no formatee) e instalar los nuevos otra vez y esta vez si los reconocio al reiniciar. Se ve que habia algun tipo de conflicto.