Has probado a mirar los planes de estudio de cada una? Igual te orienta, y tal...
Yo, personalmente, tiraría de la pública, aunque sea simplemente por conciencia: fomentar tanto la educación superior privada no quiere decir que acabemos como EEUU, pero tampoco creo que produzca todo lo contrario (para nada)...
El máster, si de verdad quieres hacerlo, puedes decidir más adelante dónde, una vez decidas hacia dónde quieres encaminar tu carrera profesional... Eso sí, no por tener un máster (cosa que yo tengo) te hace valer más que alguien sin, y no todos los másters valen para todo. Por ponerte un ejemplo simple, filología (que no es mi caso, pero lo conozco bastante): Puedes hacer una vez acabada la carrera un máster de especialización en cualquier rama desde teoría de la literatura, a inglés para negocios, traducción jurada (aunque sea por lo general más chungo para entrar que para alguien de traducción), doblaje y subtitulado, etc, etc... Ya me dirás qué tienen en común.
En cualquier caso, imagino que te referirás a un MBA, probablemente, pero en ese caso, dependerá del centro donde lo hagas, por lo general...